预防接种门诊与接种单位主要不同点在于:1、法人代表层次不同，预防接种门诊往往是最底层的机构，其法人往往还在上一层次；比如某疾控中心的接种门诊，某人民医院的接种门诊等等，一旦要对外行使职责，它只能靠其上层的法人代表机构名义进行。而接种单位基本上可以独立对外代表法人机构；比如承担接种任务的各乡镇卫生院等。2、从某种意义上讲，预防接种门诊是接种单位的一个隶属部门，比如卫生院的某某村接种门诊，疾控中心的某某街某某某接种门诊等。3、还有别的，暂时不说了。

关于“门诊”与“单位”的区别？字面上的含意，以上同仁巳有解释。在江苏省“门诊”一般是指仅接种计免乙肝、卡苗的医疗机构内。而“单位”是指接种一类、二类疫苗的乡（镇）防保所。但无论是“门诊”或“单位”，均要由属地卫生行政部门的资格审定。